Был основан в 1088 г. преподобным Христодулом при непосредственной поддержке Алексея I Комнина. Монастырь построен на вершине холма, на руинах древнего храма богини Артемиды, покровительницы языческого Патмоса. С самого начала обитель строилась, как настоящая средневековая крепость,– с бастионами и башнями – т.к. место часто подвергалось пиратским набегам. Сейчас вокруг монастыря располагается главный город острова – Хора.

Примерно тогда же был возведен и монастырский храм святого Иоанна Богослова, еще в византийское время расписанный византийскими мастерами. Любопытно, что в качестве престола, стоящего в алтаре христианской церкви, послужил массивный каменный блок из развалин храма Артемиды. Особого внимания заслуживают настенные росписи храма, исключительной художественной ценности, самые ранние из которых датируются XII в.

Сохранились также и другие здания монастыря: древняя трапеза, монашеские кельи, хозяйственные постройки. На территории обители естьнесколько небольших церквей и часовен послевизантийского времени.

Монастырь располагает великолепной ризницей, в которой хранятся иконы работы известнейших иконописцев: Андреаса Ридзоса, Михаила Дамаскина, Георгия Клодзоса и др. – а также богатейшей коллекцией старинных церковных облачений.

Но особенно славится монастырская библиотека, обладающая одним из самых крупных в мире собраний греческих рукописей – более тысячи рукописей и свитков, а также огромным количеством старопечатных изданий, каждое из которых уже давно является библиографическим раритетом