Патмос имеет очень древнюю историю и с давних времен упоминается в произведениях античных авторов. Предполагается, что его первоначальными, доисторическими обитателями были карийцы, жители страны на юго-западе Малой Азии. По утверждениям древних историков, само название Патмос восходит к имени одной из гор в Карии – Латмосу.

Позднее Патмос был колонизирован греками – дорийскими, а затем ионийскими племенами. Легенда повествует, что именно здесь, на Патмосе, нашел прибежище Орест, которого преследовали богини Эринии за убийство собственной матери Клитемнестры.

Место старого города указывают его древние стены (IV-VI в. до Р.Х.), частично сохранившиеся. На территории раскопок можно увидеть остатки большого ипподрома, а также храмов Аполлона и Вакха. Но более всего почиталась на Патмосе богиня Артемида, считавшаяся покровителем города.

Во времена римских завоеваний остров находился в заброшенном состоянии, так как был расположен в стороне от основных торговых путей и культурных центров Империи. Именно поэтому в 96 г. по Р.Х. императором Домицианом за проповедь христианства в Эфесе сюда был сослан апостол Иоанн Богослов, автор общеизвестного Евангелия от Иоанна. Здесь на острове им и был написан не менее известный Апокалипсис – новозаветная книга пророчеств о будущих судьбах Церкви и мира. После смерти Домициана (97 г.) Иоанн вернулся в Эфес, но с тех пор Патмос стал знамнитым в христианском мире. До сих пор здесь показывают пещеру, в которой, по преданию, Иоанну было видение, побудившее его написать самую сложную и загадочную книгу Нового Завета.

В 1088 г. с отрова Кос на Патмос приехал святой Христодул, уроженец Никеи Вифинской, и, испросив разрешения у императора Алексея I Комнина, основал на острове монастырь Иоанна Богослова, которому было суждено стать одним из крупнейших в Греции.

В 1537 г. остров был взят турками без оказания сопротивления, за что жителям были предоставлены некоторые привилегии. После захвата турками Крита (XVII в.) Патмос становится одним из крупнейших культурных центров грекоязычного мира. Патмосская школа, находившаяся под непосредственной опекой монастыря, приобретает характер высшего учебного заведения.

В 1659 г. венецианцы под командованием Франческо Морозини разграбили и опустошили остров, не тронув только монастырь. Тем не менее эта территория осталась под властью турков вплоть до 1912 г., когда остров был оккупирован итальянцами вместе с другими островами Додеканеса. Остров был возвращен Греции только в 1948 г., после разгрома Италии во II-й Мировой войне.